微生物菌肥的主要有效成分是生物活性菌，在施用過程中要非常注意以下幾方面： 

1.見殺菌劑就死亡，所以不能與殺菌劑混合使用來防治根腐病等土傳病害； 

2.見紫外線就死亡，秋季為太陽紫外線質量好的階段，所以秋施基肥盡量不選用生物菌肥； 

3.高濃度化肥對菌肥里的微生物有毒害作用，所以兩種肥料混用，化肥用量不能過大，尤其不能與碳酸氫銨等堿性肥料和硝酸鈉等生理堿性肥料混用。 

土壤中有足夠的有機物或腐殖質被生物活性菌利用，才能使土壤微生物快速繁衍，進而產生各種酶，分解各種養分，產生各種酸和二氧化碳，給作物提供更多養分。如果土壤的生物結構不合理，尤其是缺乏有機質，單純補施生物菌肥，肥效將大打折扣。所以提倡施用微生物菌肥時和有機肥合理搭配。